A. LATAR BELAKANG
Adanya gejolak politik di Indonesia pada tahun 1965 banyak orang mencari keselamatan lahir dan batin, pada saat itu ada beberapa tokoh masyarakat yang diprakarsai oleh bapak AW Sarjono, dan kawan-kawan sehingga ada pembelajaran agama Kristen atau katekisasi beberapa bulan, sebelum bulan Agustus 1967 pengajarnya dari Majelis GKJ Bantul, karena terkendala letak geografis dan transportasi belum adanya jembatan sungai Progo di wilayah Ngentakrejo yang menghubungkan Bantul dan Ngentakrejo maka pembelajaran agama Kristen diserahkan kepada Majelis GKJ Kalipenten.
B. TEMPAT KEGIATAN IBADAH AWAL
Pada tanggal 6 Agustus 1967 diadakan Baptis pertama dengan jumlah 66 orang oleh Pdt. Untung Marsudi. Dengan demikian mulai saat itulah di desa Ngentakrejo mulai tumbuh jemaat Kristen. Pada masa pertumbuhan dalam melaksanakan kegiatan/ibadah mengalami perpindahan tempat:
- Kegiatan pertama dilaksanakan di rumah Bp. Djoirono, di dusun Pereng Ngentakrejo selama enam bulan (sebelum proses baptisan massal yang pertama bulan Agustus 1967).
- Kemudian dilanjutkan di rumah Bp. Mitro Suharjono, di dusun Temben Ngentakrejo Lendah Kulon Progo selama kurang lebih tiga tahun (1967-1970). Di tempat inilah dilangsungkan Sakramen Baptis untuk 66 jemaat awal di Ngentakrejo dan jumlah yang belajar agama Kristen 300 orang, menurut kesaksian beberapa warga.
- Kemudian berpindah di rumah Bp. Djosetomo (orang tua Bp. Warto Utomo) di dusun Temben Ngentakrejo Lendah Kulon Progo selama hampir sebelas tahun (1970-1981).
- Karena pendopo rumah Bp. Djosetomo direhab maka ibadah dilaksanakan di rumah Bapak Diharjo. Setelah selesai rehab pendopo rumah, ibadah kembali bertempat di rumah Bapak Djosetomo.
C. PASKAH BERSAMA GEREJA-GEREJA SE-DIY
Jemaat awal di Ngentakrejo mendapatkan kehormatan untuk menjadi tuan rumah Paskah bersama gereja-gereja se-Daerah Istimewa Yogyakarta. Paskah bersama ini dilaksanakan pada bulan April 1967 dan bertempat di rumah Bapak Siswo Prayitno Mirisewu Ngentakrejo, sebagai koordinator acara Paskah bersama adalah beliau Bapak Hadi Wijoyo (warga GKJ Gondokusuman). Dalam acara Paskah bersama banyak ditampilkan kesenian tradisional baik dari peserta gereja-gereja DIY dan Jemaat di Ngentakrejo. Momen Paskah bersama ini menambah keyakinan bagi warga Ngentakrejo untuk menyerahkan hidupnya kepada Tuhan Yesus dengan menerima tanda baptis. Pada perayaan hari Pentakosta jemaat di Ngentakrejo menerima kunjungan dari siswa-siswa PGAKK untuk merayakan hari Pentakosta secara bersama-sama, perayaan ini dilaksanakan pada bulan Mei 1967 bertempat di rumah Bapak Siswo Prayitno.
D. BAPTISAN MASSAL
Setelah warga mendapatkan pelajaran agama Kristen dan menyerahkan hidup sepenuhnya kepada Tuhan Yesus, kemudian pada tanggal 6 Agustus 1967 diadakan Baptis pertama dengan jumlah 66 orang oleh Pdt. Untung Marsudi. Dengan demikian mulai saat itulah di desa Ngentakrejo mulai tumbuh jemaat Kristen. Baptisan massal yang kedua dilaksanakan pada tanggal 10 Desember 1967 dengan jumlah sekitar 30 orang dilayani oleh Pdt. Untung Marsudi.
E. GURU INJIL YANG IKUT BERPERAN
Jemaat awal di Ngentakrejo berterima kasih atas pelayanan Bp. Kadarismandan dan Bp. Eko Suharso yang memulai pelayanan dan merawat iman warga di Ngentakrejo. Puji syukur kepada Tuhan Yesus Kristus karena warga jemaat di Ngentakrejo mendapatkan jaminan pelayanan sakramen oleh Bp. Pandhita Untung Marsudi, Pandhita Hardjo Kisworo, dan Pandhita Aris Kristian Widodo sewaktu masih menjadi Pepanthan GKJ Kalipenten.
F. SEJARAH BERDIRINYA GEDUNG GEREJA
Pada pertengahan tahun 1975 warga mulai mengadakan persiapan untuk membangun gedung Gereja. Pada tanggal 14 Juni 1976 mulailah pembangunan gedung gereja di atas tanah seorang warga (Bp. Margi Utomo) seluas 520 m2 dengan status hak pakai. Pembangunan gedung ini dilakukan secara bertahap, sehingga baru dapat diselesaikan pada tahun 1980. Dengan berdirinya gedung gereja dengan ukuran panjang 17,50 meter dan lebar 7,5 meter, maka pada tanggal 1 Januari 1981 segala kegiatan berpusat di tempat ini. Karena keterbatasan sarana dan prasarana yang dimiliki Pepanthan Ngentakrejo, dalam melaksanakan ibadah minggu jemaat harus meminjam kursi ke SD Bopkri Ngentakrejo sehingga setiap Sabtu sore pemuda dan remaja kerja bakti meminjam kursi, dan dikembalikan Minggu pagi setelah ibadah. Situasi ini berlangsung selama kurang lebih dua tahun. Untuk mengatasi masalah tersebut warga memberikan persembahan untuk membeli kursi untuk ibadah.
Akibat bencana alam gempa bumi yang terjadi pada hari Sabtu Wage tanggal 27 Mei 2006 yang melanda sebagian Daerah Jawa Tengah dan Daerah Istimewa Yogyakarta, sehingga memporakporandakan bangunan tempat tinggal maupun sarana umum termasuk Gedung Gereja Pepanthan Ngentakrejo. Kegiatan kebaktian Minggu sementara dilaksanakan di rumah Bapak Suhardiwiyono di dusun Pereng dan pada Minggu berikutnya kebaktian dan aktivitas kegerejaan bertempat di rumah Bapak Wangsit di dusun Temben Desa Ngentakrejo dengan pertimbangan tempat yang lebih mudah dijangkau karena letaknya di tengah-tengah lingkungan jemaat gereja. Berkat uluran tangan kasih dari banyak donatur yang terpanggil untuk membangun kembali gedung gereja yang telah roboh, maka mulai bulan Agustus 2006 dimulai proses rekonstruksi gedung Gereja Pepanthan Ngentakrejo dan pada Minggu tanggal 24 Juli 2007 mulai dipergunakan kembali walaupun pembangunan belum sempurna keseluruhannya.
G. PROSES PENDEWASAAN GKJ NGENTAKREJO
Program latihan dewasa sesuai peraturan gereja dalam Tata Gereja dan Tata Laksana Gereja Bab I Pasal 3, tetap dilaksanakan yang telah dimulai sejak tahun 2005 dan tahun 2006. Pada saat sidang GKJ Klasis Kulon Progo yang ke XXXII yang diselenggarakan di GKJ Gowok telah diinformasikan akan didewasakannya Pepanthan Ngentakrejo oleh GKJ Kalipenten (Gereja Induk). Sebagai tindak lanjut dari sidang tersebut, telah dilakukan Visitasi oleh Team Visitator Klasis Kulon Progo pada Hari Jumat tanggal 8 September 2006 di GKJ Kalipenten. Kemudian proses latihan dewasa dilanjutkan pada tahun berikutnya sesuai Akta sidang Klasis Kulon Progo ke XXXIII di GKJ Kalipenten Artikel 34, selain memfokuskan pembangunan/rekonstruksi gedung gereja juga dilaksanakan proses latihan dewasa. Pada hari Jum’at tanggal l Juni 2007 menerima kunjungan Tim Visitator Klasis Kulon Progo dalam rangka pendampingan dalam proses menjadi gereja dewasa. Proses latihan dewasa ini dilakukan sampai batas waktu yang telah disetujui dalam persidangan berikutnya.
Pada tanggal 6 Agustus 2008, Gereja Pepanthan Ngentakrejo didewasakan oleh GKJ Kalipenten. Dilaksanakan Kebaktian Syukur Pendewasaan yang dipimpin oleh Pdt. Aris Kristian Widodo, S.Si dan dihadiri oleh segenap warga gereja, warga gereja tetangga dan tamu undangan. Dilanjutkan dengan peresmian rekonstruksi gedung GKJ Ngentakrejo oleh Bapak Bupati Kulon Progo, H. Toyo Santosa Dipo ditandai dengan penandatanganan prasasti.
H. PEMANGGILAN PENDETA
Setelah didewasakan pada tanggal 6 Agustus 2008, dua tahun kemudian GKJ Ngentakrejo mengajukan Bapak Gangsar untuk dijadikan calon Pandhita, namun karena Bapak Gangsar belum siap maka pencalonan tidak bisa dilanjutkan. Panitia pemanggilan pandhita kemudian melakukan pemanggilan pandhita atas diri Pdt. Setiyadi yang sebelumnya melayani di GKJ Cipto Wening. Atas persetujuan Majelis GKJ Cipto Wening dan Majelis GKJ Ngetakrejo, proses alih pelayanan Pdt. Setiyadi terlaksana dengan baik. Setelah melalui proses perkenalan kepada jemaat dan pemilihan oleh warga jemaat maka Pdt. Setiyadi diteguhkan menjadi pandhita di GKJ Ngentakrejo pada tanggal 22 April 2012.
Pada bulan April 2018 Pandhita Setiyadi berproses alih pelayanan ke GKJ Karangjasa Klasis Purworejo, setelah melalui proses administrasi dan kesepakatan bersama antara Majelis GKJ Karangjasa dan Majelis GKJ Ngentakrejo maka Bapak Pdt. Setiyadi diteguhkan menjadi pandhita GKJ Karangjasa Klasis Purworejo pada tanggal 30 April 2019. Tahun 2022 GKJ Ngentakrejo memanggil calon pandhita yaitu Saudara Krisnanda Pandu Putra yang telah mengikuti ujian peremtoir pada tanggal 25 Agustus 2023 pada Sidang Klasis Istimewa Gereja-gereja Kristen Jawa Kulon Progo dan ditahbiskan pada tanggal 6 Agustus 2024.